6 мая 1991 года по благословению Управляющего Московской Епархией Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия было образовано Домодедовское благочиние. В том же году благословением Владыки Ювеналия в Домодедово была создана православная община, главной задачей которой стало строительство в районном(тогда еще) городе первого православного храма. Вскоре был выбран земельный участок под строительство - место на высоком берегу реки (в народе данная местность известна, как "набережная"). 12 сентября 1992 года, в день памяти святого благоверного князя Александра Невского, епископом Можайским Григорием было совершено освящение закладного камня.
Вначале был возведен церковный дом, вмещающий в себя небольшой храм, просфорню, кухню, трапезную, склады, библиотеку и прочие необходимые для приходской жизни службы. Он был построен в течении 1994 года. Храм, находящийся в нем, был сразу же освещен в честь преп. Серафима Саровского.
В том же году приступили к строительству большого храма. Его проект был разработан в архитектурной мастерской Троице-Сергиевой Лавры. Строительство шло более 2-х лет - с 1995 года по 1997 год. Декор храма выполнен из кирпича, который пожертвовал бывший директор Огнеупорного завода, ныне покойный В.М. Ходенков. Колокола на звонницу пожертвовал директор Домодедовского (Московского) кладбища Н.В. Васильев. В итоге, благодаря общим усилиям администрации Домодедовского района, а также многим меценатам, храм обрел свой законченный вид.
20 сентября 1997 года храм был освящен, а в октябре того же года ему был присвоен статус собора. С 1997 года в стенах новоосвященного собора началась обычная Богослужебная жизнь. В 2001 году, по благословению Святейшего Патриарха Алексия 2, в собор была передана частица святых мощей блаженной Матроны, дополнив уже имеющиеся святыни. С тех пор храм верой и правдой служит домодедовцам, позволяя вести полноценную духовную жизнь.