История монастыря началась в 1892 году, когда протоиерей Иоанн Кронштадтский, предвидя судьбу монахини Ювеналии (будущей схиигумении Фамарь), возложил на ее три креста. Схиигумения Фамарь была настоятельницей трех монастырей: Бодбийского (в Грузии), Покровской общины в Москве и Серафимо-Знаменского скита под Москвой.
Место для постройки скита было выбрано в Самойловском лесу, в двух километрах от деревни Заборье и в полукилометре от села Битягово, на горке в правобережье реки Рожайки среди древних славянских курганов. Древняя дорога, существовавшая от деревни Заборье на село Битягово, разветвлялась у Большой священной сосны: одна (левая) вела к Воскресенскому храму села Битягово, а другая (правая) - к Битяговской мельнице. Между этими дорогами вблизи реки Рожайки и был построен скит. В древности здесь находилось славянское поселение. К югу от скита у Битяговской дороги к началу строительства скита был небольшой хуторок, расположенный на поляне (это место в описаниях именуется «хуторок»).
При строительстве ансамбля скита на хуторке были построены хозяйственные и скотные дворы и домик, в которых жили монахини-послушницы, работающие по содержанию скота.
С 1929-1931 годов схиигумения Фамарь была репрессирована и сослана с несколькими своими сестрами и иеромонахом Филаретом в Сибирь.
В 1936 году епископ Арсений напутствовал схиигумению Фамарь перед ее кончиной и отпевал ее в доме на станции Планерная, где она жила в последние годы по возвращении из ссылки. Так закончилась земная подвижническая жизнь настоятельницы Серафимо-Знаменского скита. Схиигумения Фамарь скончалась 10/ 23 июня 1936 года. Похоронена она в Москве, на Введенском кладбище.
После закрытия скита в его стенах разместилась Заборьевская больница, которая существовала с 1925 по 1965 год. После еще оставалась в отдельном домике Заборьевская амбулатория, которая также была прикрыта. Здесь, начиная с 1925 года в молитвенно освященных местах вблизи Знаменской церкви, рождались младенцы в течение сорока лет - это несколько поколений окрестных сел и деревень. В этих благодатных местах всегда по-особому радовалась душа. От храма, от монастырских стен, от земли, по которой ходили жившие и молившиеся здесь монахини, исходит неиссякаемая Христова благодать.
С 1966 года по 1974 год скит использовался под пионерский лагерь Подольского профсоюза медицинских работников «Спутник». В 1974 году пионерский лагерь был передан на баланс завода «Криптон».
В 1997 году спустя 73 года после закрытия скита была вновь зарегистрирована православная община.
А постановлением двух министерств и заключенного договора на безвозмездное и безвременное пользование зданиями и имуществом скита с 1-го декабря 1999 года Серафимо-Знаменский скит находится в Домодедовском благочинии.
15 января 1999 года на праздник преподобного Серафима Саровского состоялось первое Богослужение в храме скита, а 27 января 2000 года в день праздника Святой равноапостольной Нины в скиту вновь поселились насельницы во главе с монахиней Иннокентией.
Решением Синода Русской Православной Церкви от 15 марта 2000 года в Серафимо-Знаменском скиту возобновлена монашеская жизнь.
Половина зданий были разрушены, в порядок их приводили в течение 10 лет. За это время не только частично воссоздали первоначальный вид монастыря, но и привели в порядок прилегающую территорию, провели воду, электричество, газ, благоустроили подъездную дорогу к скиту через лес. Сейчас территория монастыря и музей открыты для посетителей.
